Цифровая подпись удостоверяет создателя и дату создания документа. Если документ будет каким-либо образом изменен, то проверка цифровой подписи будет неудачной. Цифровая подпись может использоваться в тех же целях, что и обычная подпись. Исходные тексты GnuPG, например, подписаны, и Вы можете убедиться, что они дошли до Вас неизменёнными.

Создание и проверка подписей отличается от зашифрования/расшифрования. При подписи документа используется закрытый ключ подписывающего, а проверяется подпись с использованием его открытого ключа. Например, Alice использует свой секретный ключ, чтобы подписать свою новую статью в журнал. Редактор, получив письмо, использует открытый ключ Alice, чтобы проверить, что письмо действительно от Alice и не было изменено за время пересылки.

Имея подписанный документ, Вы можете либо только проверить подпись, либо проверить подпись и восстановить исходный документ.

Обычно цифровые подписи применяются при подписи сообщений usenet и e-mail. При этом нежелательно сжимать подписываемые документы.
Добавления к документу ЭЦП в формате ASCII, не изменяет при этом сам документ.

Применение подписанных документов ограниченно. Получатель должен восстанавливать документ из подписанной версии, и даже в случае прозрачной подписи, подписанный документ должен быть отредактирован для получения оригинала. Поэтому имеется третий метод подписи документов, который создает отделённую подпись (detached signature)
Для проверки подписи необходимы и подпись, и сам документ.